一旦进入胞质溶胶，细胞穿透部分就会被释放，从而使 C3 转移酶在细胞内自由扩散，并使 RhoA、RhoB 和 RhoC 处于非活性状态，但不会使相关的 GTPase（如 Cdc42 或 Rac1）处于活性状态。 C3 转移酶通过 GTPase 效应结合域中 Asn41 上的 ADP 核糖基化来抑制 Rho 蛋白。